首先我们要清楚的是，虽然分为白山派和黑山派，但是他们都是属于伊斯兰苏菲派的。白山派的创始人是教主玛哈图木·阿杂木的长子，而黑山派的创始人是阿杂木的幼子，可以说这是一个家族内部衍生出来的教派，但是他们的本质都是一样的。

之所以会创建不同的派系，主要还是因为阿杂木的两个儿子为了争夺教主的继承权而开始的斗争，后来他们拥有了各自的拥戴者并在新疆进行传播，其中存在最长的是黑山派有三百多年，而在清朝扮演“忠臣”角色的白山派也是影响最大的存在了两百多年。

但是这个名称到底为怎么来的说法不统一，有人认为是因为居住地来命名的，有人认为是根据他们的自称翻译而来的，还有人认为是因为的生活习惯来的，反正就是黑山派和白山派之间可以根据他们的穿着特征来分辨。清代文献里面的说法是根据他们戴的帽子的颜色来分辨，白帽子就是白山派，黑帽子就是黑山派。

因为两派之间建立的初衷就是为了相互抗衡，所以一直以来白山派和黑山派之间的矛盾都是不可调和的。到了康熙年间，清朝和准噶尔之间发生战争，而噶尔丹在阿帕克和卓的相应下挥师南下，得到了白山派信徒们的支持。如此准噶尔才能很容易就拿下了喀什噶尔，甚至于叶尔羌也被收归囊中。

而黑山派的伊思马业勒汗及其家属则是被俘虏，不久之后死亡。当然噶尔丹为了防止白山派在当地实力过盛影响自己统治，直接任命偏向准噶尔的耶尔羌汗阿卜杜里什特做代言人，当然最终的决策者还是噶尔丹。

这个现象一直持续到清朝打下新疆地区。

清朝在统治之后，选任伯克并不看其宗教派别，而是更关心这个人是不是符合朝廷的任人条件，最主要的是要效忠朝廷，能力出众。比如我们都熟悉的额敏和卓家族，鄂对家族都是朝廷重用的第一人选。

“回部与伊犁不同，伊犁入我版图，控制辽阔，不得不驻兵弹压。至回部平定后，不过拣选头目，统辖城堡......择其有功而可信者，授以职任。”

但是这是乾隆朝的政策，一旦当地的形势发生变化，朝廷的任人条件也会跟着改变。在道光年间张格尔叛乱之后，朝廷对待黑山派和白山派的区别越来越明显。因为张格尔叛乱中白山派多次跟着叛逆（实际上白山派反叛也是因为朝廷在当地的统治黑暗腐败），而黑山派属于比较躺平的角色甚至是可见对抗白山派叛逆的记载。而不管如何，有的黑山派领袖甚至还坚定拥护朝廷而付出生命的代价，这也导致清朝对白山派的印象越来越差，对黑山派也越来越顺眼。

“此次张逆煽乱，陷及四城，固由平时防范未周，临时兵力单弱，实由回子执迷经教，崇信和卓，以致不畏官兵，不恤身命，冒死救护，恬不为怨。今春大兵进剿，每次接仗，所获活贼，皆自认从逆，情甘就戮；并有至死，而犹念经，口呼和卓者。及该逆穷蹙出卡，官兵搜拿余党，竟尚有敢于该逆暗通信息之人。是其崇尚牌罕巴尔后裔已成为不可移之性”。

于是朝廷开始明显扶植黑山派代言人，对于白山派自然是使用镇压为主，并且是使用手段十分严厉的镇压，这些就不多叙述了。

于是本来就水火不容的两派再加上朝廷的明显偏袒，更加不死不休。同治三年，新疆地区再次发生暴乱，阿古柏利用张格尔儿子卜素鲁克的名声建立了一个属于自己的威信之后，卜素鲁克被放逐失踪，黑山派和白山派经历了沙俄的插手和清朝的再次收复，逐渐消失在了历史长河中，而两派的斗争也不复存在。

自然，朝廷对黑山派和白山派的差别待遇也造成了两派之间的变化，