栖霞山冠名至今，岁月已飞逝千五百年，而冠名的由来却成了一桩历史公案。或云因山，或云因寺，或云因景，或云天赋神授，诸说不一。

清乾隆皇帝有诗云“栖霞名寺遂名山，点窜宁因字句间”，并自注：“本为摄山，栖霞，寺名也。今云栖霞山，或避摄字耳，故戏及之。”（《摄山志•卷首•天章》）主张栖霞山因寺而名。

有人认为：“栖霞山每临深秋，丹枫似火，宛若云霞所居，故名。”

也有人将栖霞寺前明征君碑唐高宗李治所书“栖霞”两个大字，当成栖霞冠名缘由。（《摄山志•卷一•图序》）

明代《素园石谱•栖霞石》载：“元至正年间（1341—1368），钱惟善先生游江左获一奇石，上有古篆纹‘栖霞’”，则意指栖霞之名为造化天成。

民国陈邦贤在所撰《栖霞新志》中独持一说：“栖霞在六朝以前，知道的很少，自从南齐处士明僧绍隐居江乘摄山，栖霞之名称始著。”似主张栖霞山因人而名，惜语焉不详。史载，明僧绍“宋元嘉中再举秀才，明经有儒术，屡辞不就，隐长广郡崂山，聚徒立学，后往江乘摄山。齐武帝永明七年（489，一说元年），明僧绍舍宅为寺，延请法度禅师讲经，这是栖霞有庙宇之起点”。“据考，明僧绍平原鬲（今山东平原县）人，字承烈，号栖霞，他将所捐住宅称为‘栖霞精舍’（即今栖霞寺），乃是以自己的号来命名的。就此判定，由人而寺而山，这才是栖霞冠名的真正由来。”（《栖霞区志•概述》）

栖霞山的地学内涵极为丰富，古生物化石众多，是许多地学名称的命名地，被专家称为“天然地质博物馆”。山西侧称枫岭，有成片的枫树，山中的红叶品种多达十余种，主要包括红枫、枫香、三角枫、黄连木、乌桕、盐肤木、鸡爪槭等，这其中，百年以上的枫树达500余株，各类色叶树50余万株。每到深秋，满山红遍，景色十分迷人，是吸引游人的主要景致，成为中国四大赏枫胜地之一。这也是“春牛首，秋栖霞”这一南京民俗的成因。有人据此而联想，栖霞山是“连天上云霞也想落脚的风水宝地”，“我忽然明白这山为什么叫栖霞山了。它不正是那绚丽的无数朝霞与晚霞的栖息地吗？而朝霞与晚霞无疑则是这片枫林永久不灭的灵魂”。